はい、設定可能です。
「フレッツ・あずけ~る専用サイト」(※ログインが必要)で、グループフォルダ配下のフォルダ単位に、利用者ログインIDごとの許可/不許可のアクセス権限設定ができます。
ただし、アクセス権限の設定は、管理者IDのみとなります。